Может у циклона в этом плане есть особенности?
Конечно есть, это же FPGA и ей для автономной работы нужно ПЗУ. А MAX это CPLD и там ПЗУ встроено. FPGA конфигурируется ("прошивается") действительно быстро на хорошем БайтБластере, потому что конфигурация заливается в специальное ОЗУ. И после конфигурирования нельзя отключать питание. А если ты хочешь прошить ПЗУ конфигурации, то тебе прошивку надо специально подготовить в JIC формат (самим же Кактусом это и делается). И вот тогда она будет шиться чуть дольше и можно будет снимать питание. Примеры JTAG цепочек ниже.
Когда конфигурируешь FPGA напрямую:

Когда прошиваешь ПЗУ конфигурации:

PS Ну и детский вопрос: назначение ног было сделано правильно?