...Зачем вообще нужен cross.cfg? Его содержимое можно и в makefile прописать.
не скажу чисто за этот случай, но зачастую код в промышленных подходах компилируют не только для таргета. отсюда лучше выносить инфу определяющую таргет.
с уважением
(круглый)
ЗЫ
Обычно используют cmake. Он хоть и надстройка над make-ом но он плотно вошёл в использование любых с/с++ исходников. да и проще в использовании.